วิทยาลัยเทคโนโลยีทางการแพทย์และสาธารณสุข กาญจนาภิเษก ได้ย้ายสถานที่ปฏิบัติงานไปอยู่ภายในบริเวณที่ทำการของกรมวิทยาศาสตร์การแพทย์ยศเส กรุงเทพมหานคร วิทยาลัยได้จัดการเรียนการสอนใน 11 สาขาวิชา และได้รับความร่วมมือจากคณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยรามคำแหง ในการจัดการเรียนการสอนร่วมกันเป็นโครงการ 5 ปีในหมวดวิชาการศึกษาทั่วไป โดยนักศึกษาจะลงทะเบียนเรียนเช่นเดียวกัน วันที่ 20 กรกฎาคม 2539 พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดชฯ ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าโปรดกระหม่อม พระราชทานชื่อวิทยาลัย เป็นวิทยาลัยเทคโนโลยีทางการแพทย์และสาธารณสุข กาญจนาภิเษก และให้ประดิษฐานตราสัญลักษณ์งานฉลองสิริราชสมบัติ ครบ 50 ปี บนป้ายชื่อวิทยาลัย วันที่ 2 เมษายน 2540 พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดชฯ พระราชทานพระบรมราชานุญาตให้เชิญพระมหาพิชัยมงกุฎและ “๙” ประดิษฐานเหนือเครื่องหมายกระทรวงสาธารณสุขเป็นเครื่องหมายของวิทยาลัย วันที่ 30 มีนาคม 2542 พระราชทานชื่อภาษาอังกฤษ เป็น  “KANCHANABHISHEK INSTITUE OF MEDICAL AND PUBLIC HEALTH TECHNOLOGY”